Ordenación Episcopal Petén, 1983

En 1975 fue designado Párroco de la Capilla del Señor de las Misericordias, época durante la cual su trabajo pastoral se vio fuertemente dirigido por los efectos del terremoto de 1976. El trabajo en conjunto con sus compañeros sacerdotes del decanato al que pertenecía, dio muchos frutos.

El 12 de febrero de 1978 Su Santidad Juan Pablo II le nombra como Administrador Apostólico de Petén. El 11 de diciembre de 1982 es nombrado Obispo Titular de Nasai y el 15 de enero de 1983, día del Señor de Esquipulas quien es muy venerado en Flores, Petén, fue ordenado Obispo Monseñor Jorge Mario Ávila del Águila, ceremonia que fue presidida por Monseñor Oriano Quillici Nuncio Apostólico de Su Santidad, Monseñor Miguel Ángel García Arauz, Obispos invitados, presbiterio de Petén y cohermanos de la Congregación de la Misión.

Monseñor Ávila del Águila es muy recordado por el trabajo misionero que realizó en Petén, durante la guerra interna, pero aún así con mochila en la espalda a pie, en bestia, lancha o en un pick-up Susuki Samurai...visitó la mayoría de las comunidades peteneras, lo que le permitió conocer las necesidades tanto espirituales como materiales de las personas, por lo que se dio a la tarea de aumentar las vocaciones sacerdotales, llevar a Petén sacerdotes y religiosas misioneras.

Debido a su trabajo, la Administración Apostólica de Petén, fue elevada a la categoría de Vicariato Apostólico en 1985.

Como Obispo del Vicariato Apostólico de Petén fue sucedido, en 1987,  por Monseñor Rodolfo Bobadilla Mata sacerdote de la Congregación de la Misión.